Het onderzoek dat door SEO Economisch Onderzoek wordt verricht is geconcentreerd in een vijftal clusters. Deze clusters hebben specifieke expertise op hun eigen onderzoeksgebieden.

Het cluster Arbeid & Onderwijs adviseert op basis van economisch en econometrisch onderzoek publieke en private organisaties over arbeid, onderwijs en de relatie daartussen. Het onderzoek van het cluster Mededinging & Regulering heeft als thema de vormgeving, analyse en evaluatie van marktwerking en overheidsingrijpen. Het cluster Markt & Overheid doet vooral onderzoek op het gebied van staatssteun en economie van aanbestedingen.

Het cluster Zorg & Sociale Zekerheid doet onderzoek op het terrein van gezondheidszorg en sociale zekerheid inclusief pensioenen. De economische vraagstukken met betrekking tot de dynamische luchtvaart- en luchthavensector zijn het terrein van het cluster Luchtvaart.