Aenneli Houkes studeerde in 1994 af als algemeen econoom aan de Vrije Universiteit Amsterdam. In 1996 voltooide zij haar studie analytische filosofie aan de Universiteit Leiden. Als onderdeel van haar economiestudie heeft zij vier maanden gewerkt bij Nambian Economic Policy Research Unit (NEPRU) in Windhoek (Namibië), waar zij een studie deed naar de macro economische effecten van droogte. Deze studie resulteerde in een VN-publicatie.

In 1997 begon Aenneli Houkes haar loopbaan als junior onderzoeker bij KPMG Bureau voor Economische Argumentatie, waar zij sinds 1998 als onderzoeker en van 2001 tot en met 2005 als senior onderzoeker projecten leidde op het terrein van gezondheidszorg, onderwijs, arbeidsmarkt en sociale zekerheid.

De projecten die zij heeft geleid met als onderwerp gezondheidszorg zijn divers. Zo heeft zij marktanalyses (logopedie) verricht, kosten en batenanalyses verricht (verslavingszorg), outputfinancieringssystemen ontwikkeld (verslavingszorg), maar ook een Afrikaans malariapreventienetwerk geëvalueerd. Daarnaast gaf zij college kosten en baten in de gezondheidszorg voor het NSPOH.

Wat betreft onderwijs is er een tweedeling te maken in internationaal beleidsinspiratieonderzoek en nationale beleidsevaluaties. Internationaal heeft zij studies geleid over vouchers voor voortijdig schoolverlaters, de rol van de overheid op de markt van postinitiële scholing en het recht op elders verworven kwalificaties. Wat betreft nationale beleidsevaluaties heeft zij zich met name gespecialiseerd in volwasseneneducatie en beroepsonderwijs. Zo heeft zij de kwalificatiestructuur en de publieke verantwoording van de BVE geëvalueerd, marktstudies verricht naar verschillende onderwijsconcepten in het HBO, maar ook de mogelijke rol van de overheid op de markt voor studiekeuze-informatie bestudeerd en de markt voor verplicht onderwijs geanalyseerd.

Haar ervaring op het gebied van arbeidsmarktstudies betreft vier terreinen: evaluaties van arbeidsmarktbeleid (zoals een internationale studie naar best practices van gemeentelijke initiatieven, een studie naar intercultureel management en evaluaties gemeentelijk arbeidsmarktbeleid en sluitende aanpak van diverse gemeenten), de aansluiting onderwijs-arbeidsmarkt (zoals de ontwikkeling van een signaleringsinstrument hoger onderwijs-arbeidsmarkt en ondersteunend onderzoek naar initiatieven op dit terrein), arbeidsvoorwaardestudies (pauzeregelingen, arboconvenanten) en arbeidsmarktstudies (de positie van het mkb op de markt voor hbo’ers, de arbeidsmarktpositie van werkgevers in bepaalde sectoren in diverse regio’s).

Ook de onderzoeken op het terrein van sociale zekerheid zijn divers. Zo heeft zij de eerste aanbestedingsprocedure van de reintegratiemarkt geëvalueerd, onderzoek gedaan naar de invoering van SWI, evaluatieonderzoeken geleid naar de WAO en naar de verzelfstandiging van reintegratiediensten, maar ook de effectiviteit van armoedebeleid geanalyseerd.

In 2006 werkte zij als senior onderzoeker en coördinator onderzoek bij Jacques Necker, een onderzoeksbureau dat zich heeft gespecialiseerd in rekenkameronderzoek. Hier leidde zij evaluaties naar effectiviteit, efficiëntie en rechtmatigheid van gemeentelijk beleid op het terrein van subsidies, toerisme, jongeren, wijkgericht werken en aanbesteding.

Per 1 januari 2007 werkt zij bij SEO Economisch Onderzoek in het cluster Zorg en Zekerheid en verricht onderzoeken naar o.a. de effecten van liberalisering in de bekostiging van de ziekenhuiszorg en de maatschappelijke kosten van criminaliteit.