In het kader van de projectnota vaarwegverruiming Boven-IJssel is een maatschappelijke Kosten-BatenAnalyse (KBA) gemaakt. De KBA geeft alle maatschappelijke effecten weer die het gevolg zijn van de vaarwegverruiming. De effecten worden zoveel mogelijk in geld uitgedrukt zodat ze onderling vergelijkbaar zijn. De effecten van een KBA geven het verschil weer tussen een toekomstige situatie waarin het project wordt uitgevoerd (projectalternatief) ten opzichte van een situatie zonder project (referentie-alternatief). De keuze van het referentie-alternatief bepaalt daarmee de hoogte van de kosten en baten van het projectalternatief. Voor het project vaarwegverruiming Boven-IJssel is gekozen voor een referentie-alternatief waarbij de bakens in de loop van de tijd naar buiten worden verplaatst en waar niet extra wordt gebaggerd. Hierdoor wordt gezorgd dat de veiligheidssituatie ongeveer gelijk blijft aan de huidige maar neemt de (verbrede) vaargeul qua diepte af.

Tegenover het referentie-alternatief staan een vijftal projectalternatieven. Benutting 2,5, waarbij niet alle breedteknelpunten worden opgelost maar waarbij er wel zodanig gebaggerd wordt dat een diepte van 2,5m bij OLR (Overeengekomen Lage Rivierstand) ontstaat. Voor Benutting 2,8 geldt hetzelfde als voor benutting 2,5 met dien verstande dat gebaggerd wordt tot een diepte van 2,8 m bij OLR zodat schepen nog zwaarder kunnen worden beladen. In het Kosten 2,5-alternatief worden op vijf plaatsen langs de rivier breedteknelpunten opgelost (op twee locaties vaargeulverbreding, op drie locaties bochtstraalvergroting). Bovendien wordt zodanig gebaggerd dat een diepte van 2,5 m bij OLR wordt gecreëerd. Voor het alternatief Scheepvaart 2,5 geldt evenals bij het Kosten-alternatief dat een diepte van 2,5 m bij OLR wordt bereikt. Op vijf plaatsen langs de rivier worden breedteknelpunten opgelost. Een aantal diepteknelpunten worden door middel van oeverbelijning opgelost zodat op de lange termijn minder gebaggerd hoeft te worden. Een variant op het Scheepvaartalternatief is het alternatief met bodemschermen. Voor één diepteknelpunt wordt geen oeverbelijning toegepast maar worden bodemschermen gebruikt. Hierbij moet in het begin iets meer worden gebaggerd.